Erst kürzlich habe ich Microsoft noch gelobt, dass sie in Visual Studio 2008 eine Möglichkeit geschaffen haben, TableAdapter von der DataSet-Definition zu trennen und beides in getrennten Projekten unterzubringen. Nun muss ich (nach einem freundlichen Hinweis aus der myCSharp.de-Community) dieses Lob leider wieder nach unten korrigieren. Das Ganze funktioniert nämlich nicht, wenn die Projekte in Projektmappen-Ordnern liegen. 
Details zu diesem Bug und der aktuelle Status sind hier nachzulesen: https://connect.microsoft.com/VisualStudio/feedback/ViewFeedback.aspx?FeedbackID=378368